Dar entrada no estoque que eu já tenho
Você já tem material guardado, já pagou por ele, e só quer que o sistema saiba que ele existe. É assim que os materiais antigos entram no estoque: uma entrada por Ajuste de saldo, que mexe na quantidade e não cria conta a pagar nenhuma.
Compra é dinheiro saindo, e por isso ela conversa com o Financeiro. Ajuste de saldo é só contagem: serve para dizer ao sistema quanto você já tem na prateleira hoje, sem nenhum efeito no seu caixa.
O mesmo motivo serve quando a contagem física não bater com o saldo da tela, como quando sobra ou falta material sem movimentação registrada: entrada se sobrou, saída se faltou.
Sem efeito no caixa não quer dizer sem valor: a entrada fica registrada pelo preço que está no cadastro do material, e é esse valor que compõe o Valor de estoque. Por isso, confira se o material está cadastrado com o preço que você pagou antes de dar a entrada.
Passo a passo
Comece emEstoque
Abra o Estoque e escolha movimentar.
Dá para movimentar pela tela geral ou entrando no item, o que é mais prático quando você está conferindo um material específico.

Escolha Entrada com o motivo Ajuste de saldo.
É o motivo certo tanto para a primeira contagem quanto para correção. Ele não gera lançamento no Financeiro; Compra gera, e é por isso que aqui não é o caso dela.

Informe a quantidade.
A quantidade não substitui o saldo: a entrada soma e a saída subtrai do que já está lá. Com o saldo zerado, informe o total que você tem na prateleira; se já existe saldo e ele está errado, informe só a diferença, porque uma entrada de 10 sobre um saldo de 10 deixa o saldo em 20. A saída é bloqueada quando o saldo não cobre, e essa trava é proposital: ela impede que o estoque fique negativo sem você perceber.

A quantidade informada é somada ao saldo do item, ou subtraída dele se a movimentação foi de saída. Partindo do saldo zerado, o saldo passa a mostrar exatamente o que você contou. Se depois você editar essa movimentação, o sistema recalcula o saldo pela diferença, sem duplicar.
Saldo zerado assusta e parece perda de dado, mas quase sempre é entrada que nunca foi registrada. E se o material não vai ser controlado por estoque, o caminho não é dar entrada: é desligar a integração do pedido com o estoque nas configurações.